氮氣的惰性使其成為制藥應用中理想的填充氣體，在這些應用中需要防止化學品和粉末被大氣中的氧氣和水分氧化和降解。

通過將這些物品保持在氮氣環境下，可以實現保護。這也被稱為氮氣覆蓋、氮氣墊或氮氣惰性化，其中空氣被氮氣所替換。

氮氣也被用來維持儲存易燃液體的罐子的惰性和保護性氣氛，粉碎硫磺化合物以防止爆炸，氣動輸送粉末以防止氧化，清洗管道和容器以在完成管道輸送或生產結束后排出危險的蒸汽和氣體。